Avhandling undersöker variation inom bröstcancertumörer
Bröstcancertumörer kan innehålla olika celltyper och strukturer, vilket kan påverka hur sjukdomen utvecklas och hur den svarar på behandling. I en ny avhandling från Karolinska Institutet använder Qiao Yang vid institutionen för onkologi-patologi datorbaserade metoder och multiomikdata för att kartlägga skillnader i stora, obehandlade bröstcancertumörer. Resultaten kan bidra till mer heltäckande diagnostiska strategier och ge stöd i framtida behandlingsval.
Vi bad Qiao Yang att berätta mer om sin avhandling.
Vad är fokus i din avhandling?
– Min avhandling undersöker hur bröstcancer kan skilja sig åt inom en och samma tumör och hur denna variation är organiserad. För att göra detta har jag utvecklat metoder som gör det möjligt att analysera tumörprover på ett enhetligt sätt. Dessa metoder användes sedan för att studera hur variationen i stora, obehandlade tumörer är uppbyggd och vad detta kan innebära för sjukdomen.
Vilka är de viktigaste resultaten?
– Arbetet ledde till flera viktiga resultat. Först utvecklade vi ett R‑paket, BreastSubtypeR, ett programverktyg som hjälper forskare att klassificera bröstcancertumörer på ett mer enhetligt sätt. Vi tog också fram en metod kallad Computational Tissue Annotation (CTA), som med hjälp av datoranalys kan identifiera olika celltyper i vävnadsprover och förbättra analysen av spatiala data. Slutligen fann vi att tumörer med hög genetisk variation före behandling kan svara bättre på vissa typer av cytostatika, vilket tyder på att denna variation också kan utgöra en möjlig behandlingsmöjlighet.
Hur kan denna kunskap bidra till bättre hälsa?
– Mitt arbete kan ha betydelse både för forskning och för klinisk verksamhet. De verktyg vi har utvecklat är fritt tillgängliga och kan bidra till bättre kvalitet i studier av bröstcancer. Vi visade också att tumörer kan innehålla många olika cellpopulationer, vilket innebär att ett enskilt vävnadsprov inte alltid ger hela bilden. Dessutom fann vi att genetisk variation i obehandlade tumörer kan hänga samman med bättre svar på vissa cytostatika, ett resultat som, om det bekräftas i kliniska studier, kan stödja utvecklingen av en biomarkör för att vägleda behandlingsval.
Vad har du för framtida ambitioner?
– Jag vill fortsätta arbeta inom det här forskningsområdet och fokusera på hur fynd från spatial multiomik kan omsättas i klinisk användning. Ett viktigt mål är att bekräfta att vissa former av tumörvariation kan innebära en behandlingskänslighet, genom studier i större och oberoende patientgrupper och genom att förstå de bakomliggande mekanismerna.
Doctoral thesis
"Unveiling breast cancer heterogeneity by integrating computational approaches and multi-omics data."