Ny kunskapsportal underlättar forskning om metabola sjukdomar
Forskare vid bland annat Karolinska Institutet och Helmholtz München har utvecklat en användarvänlig portal med omfattande data om mänsklig fettväv. Portalen erbjuder forskare och kliniker en möjlighet att utforska fettvävens biologi, ända ner på enskild cellnivå, utan något krav på kunskap inom bioinformatik. Studien har publicerats i tidskriften Cell Metabolism.
I åratal har forskning om fettvävnad genererat stora mängder data för många olika biomolekyler men dessa data har varit spridda över olika arkiv, vilket försvårat omfattande analyser.
Nu har forskare lanserat en kunskapsportal kallad Adiposetissue.org som kopplar samman molekylära och kliniska data från mer än 6 000 individer, vilket gör det möjligt för forskare och kliniker att utforska obesitasrelaterade förändringar, effekter av viktnedgång och cellulära mekanismer på detaljnivå.
– Vi utvecklade denna kunskapsportal för att göra fettvävnadsdata tillgängliga för alla, även de utan expertis inom bioinformatik, säger Lucas Massier, forskare vid Helmholtz München-institutet vid Leipzigs universitet i Tyskland och anknuten forskare vid Karolinska Institutet.
Innehåller flera analysverktyg
Plattformen samlar data från 67 studier och är utformad för både erfarna bioinformatiker och forskare utan avancerad datorkompetens. Den innehåller en rad avancerade analysverktyg och anpassningsbara moduler för att utforska gener, proteiner och celler på enskild cellnivå samt vilka gener som uttrycks i vilka celler i en vävnadsbit, så kallad spatial transkriptomik.
– Genom att bryta ner barriärer för dataåtkomst och möjliggöra storskaliga analyser är Adiposetissue.org en kraftfull resurs för forskare som studerar fettvävnadsbiologi och metabola sjukdomar, säger Mikael Rydén, överläkare och professor vid institutionen för medicin, Huddinge, Karolinska Institutet som lett studien tillsammans med Lucas Massier och docent Niklas Mejhert vid Karolinska Institutet och Steno Diabetes Center i Köpenhamn.
Portalen kommer att utökas
Arbetet har varit en stor samarbetsinsats och forskarna kommer fortsätta att utöka portalen med nya resultat. Framtida uppdateringar kommer att inkludera data om brun fettvävnad, ytterligare kliniska kohorter och jämförelser mellan arter.
En viktig del av arbetet leddes av Jiawei Zhong, doktorand, och Danae Zareifi, postdoktor vid Karolinska Institutet. De säkerställde att data från olika källor kunde jämföras genom att standardisera terminologin. Eftersom det fanns begränsat med proteomikdata tillgängligt, genererade de även nya dataset för proteinprofilering, vilket förbättrade portalens förmåga att verifiera fynd om genaktivitet.
Studien har ett flertal finansiärer, se den vetenskapliga artikeln för en komplett förteckning. Det finns inga rapporterade intressekonflikter.
Denna nyhetstext är baserad på ett pressmeddelande från Helmholtz München.
Publikation
“Adiposetissue.org: a Knowledge Portal Integrating Clinical and Experimental Data from Human Adipose Tissue”, Jiawei Zhong, Danae Zareifi, Sophie Weinbrenner, Mattias Hansen, Felix Klingelhuber, Pamela A. Nono Nankam, Scott Frendo-Cumbo, Nayanika Bhalla, Lina Cordeddu, Thais de Castro Barbosa, Peter Arner, Ingrid Dahlman, Maheswary Muniandy, Sini Heinonen, Kirsi H. Pietiläinen, Anne Hofmann, Adhideb Ghosh, Dorit John, Anke Tönjes, Patrik L. Ståhl, Yvonne Böttcher, Maria Keller, Peter Kovacs, Alastair G. Kerr, Dominique Langin, Christian Wolfrum, Matthias Bluher, Natalie Krahmer, Lucas Massier, Niklas Mejhert, Mikael Rydén, Cell Metabolism, online 20 februari 2025, doi: 10.1016/j.cmet.2025.01.012.