Ny metod grupperar patienter med ulcerös kolit
Forskare vid Karolinska Institutet har hittat ett sätt att utifrån genuttryck som är bevarat mellan arter, dela upp patienter med tarmsjukdomen ulcerös kolit i två skilda grupper. Resultaten publiceras i tidskriften Nature Communications. Forskarna hoppas att metoden kan användas för gruppindelning även vid andra autoimmuna sjukdomar.
Ulcerös kolit är en inflammatorisk tarmsjukdom som påverkar tjocktarmen och ändtarmen. Sjukdomen yttrar sig på olika sätt hos olika personer och behandlingen i form av så kallade biologiska läkemedel fungerar bara för ungefär 50-60 procent av patienterna.
Därför finns ett behov av att kunna dela in patienter i olika grupper, för att kunna hitta nya mål för läkemedelsbehandling och möjligen anpassa behandlingen till specifika patientgrupper.
En sådan gruppindelning presenteras nu av forskare vid Karolinska institutet i en studie i tidskriften Nature Communications.
Två molekylärt skilda grupper
– Vi har lyckats dela in patienter med ulcerös kolit i två molekylärt skilda grupper, med en metod som vi tror kan användas även för andra sjukdomar, säger studiens huvudförfattare Eduardo Villablanca, docent vid institutionen för medicin, Solna, vid Karolinska Institutet.
Forskarna utgick först från öppet tillgänglig data om genuttryck, så kallad transkriptionsdata, i tjocktarmsbiopsier från 102 patienter med ulcerös kolit. Men variationen mellan patienter visade sig stor och det gick inte att göra någon indelning.
Forskarna fick då idén att försöka utesluta irrelevanta gener i patientmaterialet genom att endast titta på gener vars uttryck är förändrat hos både människor och möss. För att göra det analyserade gruppen genuttryck i tjocktarmsprover från en musmodell av ulcerös kolit. 57 gener visade sig vara gemensamma i materialet från möss och i patientmaterialet.
Kombinera dataset från mus och människa
Baserat på dessa 57 gener kunde forskarna identifiera två grupper av patienter, som de kallar UC1 och UC2. Patienter i UC1-gruppen karaktäriseras av högre uttryck av gener som är inblandade i rekrytering av en typ av immunceller som kallas neutrofiler. Över 87 procent av patienterna i UC1-gruppen visade sig också svara dåligt på behandling med två av de mest använda biologiska läkemedlen vid ulcerös kolit. I UC2-gruppen, däremot, svarade ungefär 60 procent på denna behandling.
– Vi visar principen att det går att kombinera dataset från mus och människa för att gruppera patienter som man tidigare inte har kunnat skilja åt. Resultaten ger ny kunskap om inflammatoriska tarmsjukdomar och kan bidra till en mer individanpassad behandling av ulcerös kolit, säger Eduardo Villablanca.
Forskningen har finansierats genom anslag från Vetenskapsrådet, Formas och Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.
Publikation
”Conserved transcriptomic profile between mouse and human colitis allows unsupervised patient stratification”.
Paulo Czarnewski, Sara M. Parigi, Chiara Sorini, Oscar E. Diaz, Srustidhar Das, Nicola Gagliani och Eduardo J. Villablanca.
Nature Communications, online 28 juni 2019, doi: 10.1038/s41467-019-10769-x.