Ny metod för att analysera globalt genuttryck
Forskare vid institutionen för molekylär medicin och kirurgi, Karolinska Institutet, har undersökt en ny metod för att analysera globalt genuttryck i degraderat RNA från FFPE-vävnad. Studien har publicerats i tidskriften Genes Chromosomes and Cancer.
Biopsier tagna för morfologisk analys och molekylärgenetisk undersökning inom klinisk diagnostik lagras vanligen som formalinfixerade och inbäddade i paraffin (FFPE-vävnad). Då tillgången på relevant biologiskt material idag är en begränsande faktor, utgör FFPE-vävnad från stora väldokumenterade patientkohorter med lång klinisk uppföljning potentiellt en fantastisk resurs inom translationell medicinsk forskning. En nackdel med FFPE-vävnad är dock den relativt omilda hanteringen relaterad till preservering vilken riskerar bryta ner nukleinsyrastrukturer, där framförallt RNA-molekyler påverkas avsevärt. Detta har hittills begränsat användningen av FFPE-vävnad för att studera genuttryck.
I en ny studie har forskare från institutionen för molekylär medicin och kirurgi vid Karolinska Institutet använt sig av en ny metod för att analysera globalt genuttryck i degraderat RNA från FFPE-vävnad. Metoden går ut på att först fånga upp proteinkodande RNA-transkript med hjälp av ett bibliotek av sökfragment, så kallade ”capture probes”, för att sedan sekvensera och kvantifiera dessa. I studien har forskarna använt sig av lymfomtumörer och parade färskfrusna och FFPE-prover från samma biopsier för att utvärdera den nya sekvenseringsmetoden.
– Vi kunde visa att även om RNA från färskfruset material generellt erbjöd ett bättre sekvenseringsdjup, behöll RNA från FFPE-vävnad sin biologiska komplexitet och följde samma genuttrycksmönster som färskfrusen vävnad säger Aron Skaftason, doktorand i klinisk genetik vid institutionen för molekylär medicin och kirurgi.
Vidare visar forskarna med hjälp av kliniska gensignaturer att det fungerade lika bra att klassificera tumörerna från FFPE-vävnad som från färskfrusna biopsier och att biologiska skillnader mellan olika tumörer är av större betydelse än de artefakter som skapas vid nedbrytningsprocessen när man jämför olika tumörer och vävnadstyper.
– Vår studie visar att man med stor tillförsikt kan använda FFPE-prover för att undersöka globalt genuttryck, vilket öppnar helt nya möjligheter inom translationell medicinsk forskning, säger Larry Mansouri, senior forskare i klinisk genetik vid institutionen för molekylär medicin och kirurgi.
Studien har finansierats av Cancerfonden, Vetenskapsrådet, Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse, Karolinska Institutet, Radiumhemmets Forskningsfonder, Lions Cancerforskningsfond, Marcus Borgströms Stiftelse, Uppsala, samt Erik, Karin and Gösta Selanders Stiftelse, Uppsala.
Publikation
Transcriptome sequencing of archived lymphoma specimens is feasible and clinically relevant using exome capture technology. Skaftason A, Qu Y, Abdulla M, Nordlund J, Berglund M, Ednersson SB, Andersson PO, Enblad G, Amini RM, Rosenquist R, Mansouri L. Genes Chromosomes Cancer. 2021 Oct 14. doi: 10.1002/gcc.23002. Online ahead of print.