Ett enda kliniskt test ger fler svar om covid-19
Forskare vid Karolinska Institutet presenterar resultaten av ett förfinat kliniskt covid-19-test, som har använts för att spåra spridningen av omikron-varianten i realtid i den svenska befolkningen. Studien, publicerad i tidskriften Med, ger nya insikter om dominansövergången för underlinjer av omikron som inträffade konsekvent över hela världen.
I den första vågen av covid-19-pandemin, våren 2020, utvecklade Björn Reinius forskargrupp vid Karolinska Institutet en snabb, billig och träffsäker klinisk analys för covid-19. Det bidrog till möjligheterna att redan tidigt i pandemin genomföra storskalig testning.
Metoden användes därefter i miljontals kliniska covid-19-tester i Sverige och ännu fler internationellt. Nu publicerar forskargruppen resultaten av en förfinad analysmetod.
– I samband med den snabba spridningen av en ny covid-variant, omikron BA.1, i början av december förra året vidareutvecklade vi snabbt metoden för att även kunna klassificera vilken variant av covid-19-virus en infekterad person bär på, säger Antonio Lentini, forskare vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik, Karolinska Institutet, och studiens försteförfattare.
Den nya metoden, en anpassad varianttypning av RT-PCR-analys, gjorde det möjligt att i ett prov kunna påvisa både om patienten hade covid-19 och om det rörde sig om virusvarianten omikron BA.1.
– Tidigare har vi behövt genomföra sekvensering eller flera separata PCR-analyser utöver det primära kliniska testet för att få fram dessa resultat. Under omikronvågen vid årsskiftet 2021/2022 var laboratorierna dock extremt hårt belastade, och denna metod bidrog till att vi kunde följa omikronutvecklingen i den svenska populationen i realtid, säger Björn Reinius, forskargruppsledare vid samma institution och studiens sisteförfattare.
Enligt forskarna är den nya metoden både träffsäker och pålitlig. Kontroller av metoden jämfört med sekvensering av virusarvsmassa visade på mer än 99-procentig samstämmighet i variantklassificeringen.
Spårning av det snabba skiftet från omikron BA.1 till BA.2
Bara några veckor in i omikronvågen dök en ännu mer smittsam form av viruset upp i Sverige, omikron BA.2. Även här kunde metoden användas, nu för att särskilja omikrontyp i proverna. Om analysen påvisade sars-cov-2, men inte BA.1, var testet positivt för BA.2 eftersom andra covid-varianter hade redan blivit utkonkurrerade.
Mellan januari och mars 2022 gjorde forskargruppen analyser av 174 933 kliniska prover från de övre luftvägarna i nära samarbete med ABC Labs, som vid den tidpunkten tillhandahöll Folkhälsomyndigheten och Sveriges regioner med analyskapacitet.
– Vi kunde se att virusnivåerna, kvantifierat som virusgenomkopior, i de övre luftvägarna hos personer smittade med omikron BA.2 var nästan dubbelt så höga jämfört med BA.1-fall. Våra data kan bidra till att förklara varför omikron BA.2 spred sig så aggressivt och snabbt trängde ut BA.1 ur populationen, säger Björn Reinius.
Nu arbetar forskarna med att ta fram nya metoder för att diagnostisera virus- och bakterieinfektioner. Målet är ett enskilt kliniskt test för att analysera ett stort antal infektionssjukdomar samtidigt.
Forskningen finansierades av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse, SciLifeLab/KAW National COVID-19 Research Program, Vetenskapsrådet och Ragnar Söderbergs stiftelse. Björn Reinius har arbetat som konsult inom sars-cov-2 RT-PCR-diagnostik och är aktieägare i GeneBeats. Ola Winqvist är aktieägare i ABC Labs.
Publikation
"Monitoring of the SARS-CoV-2 1 Omicron BA.1/BA.2 lineage transition in the Swedish population reveals increased viral RNA levels in BA.2 cases". Antonio Lentini, Antonio Pereira, Ola Winqvist, Björn Reinius. Med, online 8 augusti 2022, doi:10.1016/j.medj.2022.07.007.