Diagnostik av akut lymfatisk leukemi hos barn med hjälp av helgenomsekvensering
En ny svensk studie visar att helgenomsekvensering kan upptäcka kliniskt relevanta genomiska avvikelser vid akut lymfatisk leukemi och har stor potential för implementering i rutindiagnostik. Studien har genomförts av forskare i gruppen klinisk genetik vid institutionen för molekylär medicin och kirurgi, inom Genomic Medicine Swedens arbetsgrupp för hematologi och publicerades i den vetenskapliga tidskriften Frontiers in Oncology.
Behandlingsresultat för barn med akut lymfatisk leukemi (ALL), den vanligaste cancersjukdomen hos barn, är mycket goda med 90 procent överlevnad. Men 15 procent av barnen får återfall och hälften överlever inte sin sjukdom. När ett barn diagnostiseras med leukemi kartläggs bland annat vilka genetiska avvikelser som finns i leukemicellerna, som ett led i bedömningen av återfallsrisken. Detta kräver flera olika tekniker vilket är tidskrävande och kostsamt.
För en andel patienter har det inte varit möjligt att bestämma genetisk riskgrupp eller så har det helt saknats kända prognostiska markörer.
–Vi behöver därför mer precisa diagnostiska verktyg för att bättre kunna individanpassa behandlingen och därmed förhoppningsvis kunna bota fler, säger Gisela Barbany, docent och överläkare i klinisk genetik vid Karolinska Universitetssjukhuset och en av de ansvariga bakom studien.
Helgenomsekvensering (WGS) har gjort det möjligt att kartlägga arvsmassan med stor noggrannhet och detaljrikedom. Det ger en ökad förståelse av leukemisjukdomen. I studien har WGS och gängse rutindiagnostik vid ALL jämförts för att undersöka om WGS kan ersätta dagens metoder. Analyserna har gjorts på diagnostiska benmärgmaterial från 88 ALL patienter.
–Resultaten visar att WGS kunde fastställa samtliga klinisk relevanta genetiska avvikelser. Dessutom, kunde vi med WGS identifiera genetiska förändringar som är viktiga för leukemiutveckling i 35 av 39 patienter som tidigare saknade information för att indelas till en riskgrupp, säger Fatemah Rezayee, doktorand vid gruppen klinisk genetik och försteförfattare till studien.
Studien har också bekräftad en fullständig överensstämmelse mellan de rutindiagnostiska och WGS resultaten. Vidare identifierade författarna ytterligare en viktig men svårupptäckt genetisk avvikelse med hjälp av ett skräddarsytt bioinformatikverktyg. De lovande resultaten öppnar upp nya möjligheter för genetisk diagnostik av ALL för att kunna individanpassa behandlingen och på så sätt medverka till att undvika såväl under- som överbehandling.
Studien utfördes inom Genomic Medicine Swedens arbetsgrupp för hematologi, i samarbete med SciLifeLab Clinical Genomics, och finansierades av medel från bland annat Science for Life Laboratory Swedish Genomes Program (med stöd från Knut och Alice Wallenberg stiftelsen), Barncancerfonden och Vetenskapsrådet under ramen för ERA PerMed.
Publikation
Feasibility to use whole-genome sequencing as a sole diagnostic method to detect genomic aberrations in pediatric B-cell acute lymphoblastic leukemia Rezayee F, Eisfeldt J, Skaftason A, Öfverholm I, Sayyab S, Syvänen A C, Maqbool K, Lilljebjörn H, Johansson B, Olsson-Arvidsson L, Pietras C O, Staffas A, Palmqvist L, Fioretos T, Cavelier L, Fogelstrand L, Nordlund J, Wirta V, Rosenquist R and Barbany G (2023) Frontiers in Oncology DOI=10.3389/fonc.2023.1217712