Ny metod för att upptäcka okända regioner i genomet som kodar för proteiner

Professor Janne Lehtiö och kollegor vid institutionen för Onkologi-Patologi har publicerat en artikel i Nature Communications där de beskriver sin nya metod ”Integrated Proteogenomics Analysis Workflow” (IPAW). Metoden gör att man kan få en mer tillförlitlig identifiering av nya proteiner.

Proteiner utgör huvudbeståndsdelen i allt levande och fungerar som byggstenar i levande organismer. De utför olika funktioner i cellerna och förmedlar signaler i våra kroppar. Under de senaste årtionden har en stor mängd gendata samlats in vilket har ökat vår kunskap om sjukdomar och gjort att vi hittat nya mål för läkemedel. Läkemedel angriper dock främst proteiner. Därför behövs även proteindata för att förstå de biologiska mekanismerna bakom hälsa och sjukdom.

IPAW-metoden förbättrar den kombinerade analysen av protein- och gendata vilket möjliggör upptäckt av muterade gener på proteinnivå och gör att man kan hitta helt nya gener som kodar för protein. Att undersöka normala celler och cancerceller på detta sätt kan leda till upptäckt av cancerspecifika proteiner som i framtiden kan användas som mål för att attackera cancer via immunsystemet.

Publikation

Discovery of coding regions in the human genome by integrated proteogenomics analysis workflow.
Zhu Y, Orre L, Johansson H, Huss M, Boekel J, Vesterlund M, et al
Nat Commun 2018 03;9(1):903