Den nationella Barntumörbanken vid OnkPat tilldelas utökade medel från Barncancerfonden
Som en strategisk satsning tilldelas Barntumörbanken 12 miljoner kronor för att genomföra helgenomsekvenseringar på de ännu inte analyserade tumör- och blodproverna i provsamlingen. Det årliga verksamhetsanslaget ökas till 19 miljoner kronor för 2022. GMS Barncancer-projektet kommer få ett flerårigt stöd på totalt 24 miljoner kronor. En projektkoordinator med uppgift att samverka med barnleukemiprovsamlingen i Uppsala ska tillsättas, som ytterligare en strategisk satsning av Barncancerfonden.
Barntumörbanken (BTB) är en forskningsinfrastruktur, ett samarbetsprojekt och en nationell provsamling för solida barntumörer. BTB genomför helgenomsekvensering, heltranskriptomsekvensering och metyleringsarrayprofilering på insamlade biobanksprov. Analyserna sker vid SciLifeLab. Både prover och molekylärgenetiska/genomiska data är tillgängliga för behöriga forskare efter en ansökningsprocess. BTB ger också service till kliniska studier. Barncancerfonden (BCF) finansierar hela verksamheten, som i huvudsak sker vid institutionen för onkologi-patologi, Karolinska Institutet. Karolinska Universitetssjukhuset är forskningshuvudman för BTB och Stockholms medicinska biobank är ansvarig biobank. Det övergripande syftet för BTB är att bidra till ökad kunskap om tumörsjukdomar hos barn som kan leda till bättre behandling och överlevnad för dessa patienter.
Strategiska satsningar för år 2022
BCF gör flera satsningar på BTB innevarande år. För att möjliggöra att helgenomdata genereras från alla de fall där tillräckligt med material finns i provsamlingen, och som inte redan analyserats, tilldelas BTB 12 miljoner kronor som en strategisk satsning. Dessutom ska transkriptomsekvensering och metyleringsarrayanalyser ske för alla aktuella fall och BTBs verksamhetsanslag för året på 19 miljoner kronor omfattar därför också kostnaderna för de analyserna. Investeringarna som ska göras inbegriper även satsningar på utökad datalagring och ytterligare labresurser. BTB insamlar sedan år 2013 flera olika provtyper från barn med solida tumörer i samarbete med alla sex universitetssjukhus som biopserar, behandlar och opererar barn med cancer i Sverige. Från nästan 90% av barncancerpatienterna inkommer samtycke och biobanksprov till BTB. Utöver färskfrusen överbliven (efter diagnostik) tumörvävnad, blodprov, CSF-prov och HE-glas för barnet, insamlas även blod från föräldrar. Viabla tumörceller insamlas dessutom från ett par sjukhuscentra.
BTB har idag mer än 19 500 prover från 1700 barncancerpatientfall, och deras föräldrar. Även cirka 19 000 DNA och RNA alikvoter från en fraktion av dessa prover, som BTB preparerat, finns i provsamlingen. För helgenomsekvensering av tumör behövs även ett referensprov (blodprov) och från cirka 1100 fall finns idag både tumör och blod-prov. Drygt 370 fall är redan analyserade med de nämnda tre storskaliga metoderna i BTBs regi. Med den riktade och utökade satsningen för 2022 kan cirka ytterligare 450 fall analyseras. Detta är också med hänsyn till det bortfall som sker på grund av för lite och/eller ej representativt material för drygt 10% av fallen. Vidare är BTB ansvarig för att lagra helgenomdata, heltranskriptomdata och metyleringsarraydata som genereras sedan år 2021 i det nationella projektet GMS Barncancer för att senare tillgängliggöra detta för behöriga forskare. Det rör samma patienter som BTB insamlar biobanksprov ifrån, och för de som analyseras inom GMS-projektet behöver BTB därmed inte göra om analyserna.
GMS Barncancer är ett initiativ och en studie för att implementera helgenomsekvensering inom barncancervården i Sverige. BTB är med och koordinerar satsningen samt ansvarar för medlen från BCF. Projektet har tidigare tilldelats 15 miljoner kronor som ska användas nu under 2022. Dessutom har BCF beslutat stödja med ytterligare 24 miljoner kronor under fem år (2022-2026). Idag har nästan 100 patienter inkluderats och analyserats och under 2021 bekostade en särskild satsning från Socialdepartementet projektet. Under 2022 beräknas mer än 200 patientanalyser ske då även leukemiprover kommer ingå, så ambitionen är att alla barn med en misstänkt tumör ska kunna erbjudas helgenomsekvensering, samt heltransktriptomsekvensering och metyleringsarrayprofilering. Under året ska även de 100 första fallen utvärderas med hänsyn till klinisk och, om möjligt, hälsoekonomisk nytta.
Det finns en nordisk barnleukemiprovsamling i Uppsala (NLBB) som är finansierad av BCF, och som en ytterligare strategisk satsning tilldelas både NLBB och BTB anslag för en projektkoordinator som ska arbeta med att öka samverkan mellan de båda provsamlingarna och infrastrukturerna. Detta kommer också omfatta GMS Barncancerprojektet då BTB ska bistå med lagring av data även från genomanalyserna av leukemipatienterna.
Johanna Sandgren, enhetschef för Barntumörbanken vid OnkPat och doktor i medicinska vetenskaper, ser med tillförsikt fram emot 2022 som ska bli ett spännande och produktivt år för BTB. BTB och GMS satsningarna kommer med all sannolikhet öka den biologiska kunskapen och gagna forskningen inom barncancerfältet. BTB ska även arbeta mer med att synliggöra provsamlingen och våra resurser, inklusive genomdata, så de kan nyttjas än mer i relevanta forskningsprojekt.