Circulära RNA i aktivering av Hedgehog-signalering och Hedgehog-medierade medulloblastomtumörer
Rollen av cirkulära RNA vid initiering och framskridandet av cancer har på sistone väckt stort intresse, men det finns ingen klar bild av deras funktionella betydelse. Nya fynd av forskare vid Karolinska Institutet visar på att trots ett relativt överskott och differentiellt uttryck kan ett större antal cirkulära RNA vara exempel på "passagerarmolekyler" med liten inverkan på en cell, vilket återspeglar en slumpmässighet i genuttryck och splitsningsprocesser.
I en ny studie vid Institutionen för biovetenskaper och näringslära (BioNut), Karolinska Institutet, har rollen av cirkulära RNA (circRNA) tagits upp i samband med Hedgehog-signalförmedlade medulloblastomtumörer. Medulloblastom är den vanligaste cancerformen i hjärnan hos barn, med den molekylära subtypen Sonic Hedgehog (SHH) som en av de största, vilken omfattar cirka 30 % av alla medulloblastomfall.
I studien har Ani Azatyan, Peter Zaphiropoulos och andra undersökt uttrycket för circRNA i Hedgehog-signalberoende cellinjer och medulloblastomceller. Detta har varit möjligt genom implementering av modifierade RNA-seq-protokoll för att upptäcka överskott och/eller differentiellt uttryckta circRNA. Med hjälp av strikta kriterier identifierades sju circRNA med reducerat uttryck i Hedgehog-beroende medulloblastom kontra cerebellum, med sitt motsvarande mRNA oförändrat. Utarmningen av dessa circRNA såväl som deras överuttryck hade dock ingen betydande inverkan på medulloblastomcellspridning baserat på två oberoende analyser.
Dessa fynd belyser komplexiteten av genuttrycksresultat och möjligheten att genprodukter inte nödvändigtvis har någon uppenbar fenotypisk påverkan i det cellulära sammanhang de befinner sig i. Detta utesluter emellertid inte möjligheten att vissa RNA-cirklar verkligen kan fungera som "drivmolekyler" i specifika miljöer.
För närvarande ägnar sig Azatyan och Zaphiropoulos åt en utökad analys av en mycket större kohort som inkluderar prover från alla fyra medulloblastomundertyper, dvs SHH, WNT, grupp-3 och grupp-4, vilket kan göra det möjligt att identifiera roller för cirqRNA under medulloblastomutveckling.