Ny metod hittar aggressiva tumörer
Forskare vid Karolinska Institutet har utvecklat en ny och billig metod för att identifiera väldigt heterogena tumörer. Dessa är ofta mycket aggressiva och kräver därför en mer aggressiv behandling. Metoden presenteras i den vetenskapliga tidskriften Nature Communications.
Det är vanligt att cancerceller uppvisar förändringar i antalet kopior av varje kromosom eller gen som förekommer i genuppsättningen. Detta fenomen kallas för CNA (copy number alteration). Inom samma tumör kan celler i olika delar av tumören ha varierande antal genkopior. Tumörer med många CNA brukar vara mycket aggressiva och är mer benägna att omvandlas, även efter tuffa behandlingar.
Mycket lägre kostnad
Nu har forskare vid Karolinska Institutet och Science for Life Laboratory (SciLifeLab) utvecklat en ny metod kallad CUTseq, som kan bedöma mängd och typ av CNA i många olika delar av samma tumör, till en mycket lägre kostnad än befintliga metoder.
– Jag ser framför mig många sätt att använda CUTseq vid cancerdiagnostik. Inom diagnostiken kommer det att bli allt vanligare med sekvensering av flera tumördelar för att fastställa vilka patienter som har mycket heterogena tumörer och därför behöver mer aggressiv behandling. Här tror jag att vår metod kan få stor betydelse, säger Nicola Crosetto, forskare vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik, Karolinska Institutet, och en av artikelns huvudförfattare.
Metoden kan användas med DNA från flera vävnadsprover och till och med från mycket små delar av tunna vävnadssnitt – den typ av prov som patologer vanligen använder sig av för att ställa cancerdiagnos med mikroskop.
Genom att märka DNA från flera områden i samma tumörprov med unika molekylära streckkoder kan man få en heltäckande bild av CNA-heterogeniteten i en tumör med ett enda sekvenseringsförsök.
Flera tillämpningsområden
CUTseq har dessutom andra tillämpningsområden än cancerdiagnostik, menar forskarna som utvecklat tekniken.
– Man skulle exempelvis kunna använda CUTseq som plattform för autentisering av cellinjer och för att övervaka genomstabiliteten i stora cellinjer och biobanker. Metoden skulle också kunna användas inom ekologi, som alternativ till annan genomsekvensering med så kallad reducerad representation, såsom RAD-seq, för kostnadseffektiv utvärdering av biologisk mångfald, säger Magda Bienko, forskare vid samma institution och artikelns andra huvudförfattare.
Forskningen har fått stöd från Svenska Sällskapet för Medicinsk Forskning (SSMF), Science for Life Laboratory, Vetenskapsrådet, Ragnar Söderbergs stiftelse, Cancerfonden, Stiftelsen för strategisk forskning och Karolinska Institutets strategiska forskningsprogram inom cancer (StratCan).
Publikation
”CUTseq is a versatile method for preparing multiplexed DNA sequencing libraries from low-input samples”. Xiaolu Zhang, Silvano Garnerone, Michele Simonetti, Luuk Harbers, Marcin Nicoś, Reza Mirzazadeh, Tiziana Venesio, Anna Sapino, Johan Hartman, Caterina Marchiò, Magda Bienko, Nicola Crosetto. Nature Communications, online 18 oktober 2019, doi: 10.1038/s41467-019-12570-2.