Ny IMM-avhandling: Lovande biomarkör för tidig diagnos av levercancer
Välkommen till Shifeng Lians presentation av avhandlingen ”Biomarkers for early detection and prognostic prediction of hepatocellular carcinoma”.
Tid: 15 oktober kl. 9.00
Location: Sal Petrén (Wargentinhuset), Nobels väg 12B
Handledare: Zongli Zheng, Principal Investigator, Ming Wai Lau Centre for Reparative Medicine; och Fang Fang, Professor, Institutet för miljömedicin (IMM)
Opponent: Florent Mouliere, Team leader, Cancer Research UK Manchester Institute, National Biomarker Centre
Tre frågor till Shifeng
Vad handlar avhandlingen om?
Cirkulerande tumör-DNA (ctDNA), som utsöndras från solida tumörer i blodomloppet, erbjuder en icke-invasiv metod för att upptäcka och övervaka cancer. Syftet med denna avhandling var att identifiera effektiva ctDNA-biomarkörer för hepatocellulärt karcinom (HCC) med hjälp av blodprover som samlats in både före och vid tidpunkten för HCC-diagnos. Fokus låg på biomarkörer relaterade till telomer- och ändsekvenser, genomövergripande fragmentering samt tumörinnehåll baserat på kopienummer.
Kan du berätta om några intressanta resultat?
Det mest intressanta resultatet handlade om telomer G-svansen, en enkelsträngad DNA-sekvens som finns längst ut på kromosomändarna och som inte kunde fångas upp med traditionella metoder för dubbelsträngad sekvensering. Genom att använda vår nyutvecklade enkla och direkta BLESSING-metod (bilateral single-strand sequencing) observerade vi att den korta telomer G-svansen var nästan 20 gånger mer förekommande hos HCC-patienter än hos individer utan HCC. Baserat på detta fynd utvecklade vi en modell som vi kallar Telomer- och ändsekvenser i cirkulationen (Telecon), vilken på ett korrekt sätt kunde skilja HCC-patienter från individer utan HCC. Telecon-modellens förmåga att upptäcka HCC var bättre när blodprover som samlats in vid tidpunkten för HCC-diagnos studerades, jämfört med blodprover som samlats in längre tid före diagnos. Även om analysen av DNA-fragmenteringsmönster och tumörinnehåll också visade sig vara användbara för att upptäcka HCC och förutsäga patientutfall, var dessa metoder mindre effektiva än Telecon-metoden för att identifiera HCC-patienter med blodprover som samlats in före diagnos.
Vilken ytterligare forskning behövs inom området?
Denna avhandling ger värdefulla insikter i utvecklingen av icke-invasiva biomarkörer baserade på cirkulerande cellfritt DNA (ccfDNA) för tidig upptäckt av HCC. Telomer G-svansen skulle kunna vara en lovande biomarkör för tidig upptäckt av HCC. Det är dock fortfarande utmanande att upptäcka HCC innan klinisk diagnos, och en kombination av flera biomarkörer i framtida storskaliga studier kan bidra till att förbättra noggrannheten. Vidare forskning med nya mätningsteknologier, såsom effektiva metoder för enkelsträngad sekvensering, kommer att hjälpa till att ge en mer detaljerad förståelse för biologin bakom förkortningen av telomer G-svansen.