Framsteg i kampen mot inflammatoriska hudsjukdomar

- Vi har identifierat flera nya gener som kan vara involverade i utvecklingen av psoriasis och atopisk dermatit. Våra fynd är viktiga för att vidare studera dessa komplexa sjukdomar, för att kunna förstå sjukdomsmekanismen och öppna upp för nya behandlingsstrategier och förebyggande åtgärder, säger en av studiens sista författare, Isabel Tapia Paez, forskare vid institutionen för medicin, Solna, Karolinska Institutet.

Atopiskt eksem och psoriasis är två vanliga sjukdomar som bland annat leder till inflammation i huden och en defekt hudbarriär. Båda är ärftliga komplexa sjukdomar som orsakas av genetiska ”stavfel” i en eller flera gener och i samspel med miljöfaktorer. Båda är vanliga och atopiskt eksem drabbar så många som 20 procent av svenska barn.

Genetiska "stavfel"

Dessa ”stavfel” kallas SNPar (single nucleotide polymorphism). Många SNPar som är associerade till sjukdomar ligger mellan generna i icke-kodande DNA-regioner som påverkar genuttryck och det kan vara svårt att identifiera vilka målgener de interagerar med.

Det forskarna har gjort är att peka ut ett antal kandidatgener som ligger lång ifrån dessa SNPar men som ökar risken för att drabbas av sjukdomen. För att kunna identifiera dessa kandidatgener har forskarna använt sig av metoden Capture Hi-C som utvecklats av forskaren Pelin Sahlén på KTH, och som publicerades 2015. Med den kan områden i genomet som är aktiva samtidigt identifieras.

Kartläggning av det regulatoriska gennätverket

– Det finns regioner i genomet, arvsmassan, som bestämmer vilka gener som ska vara aktiva i vilka vävnader i kroppen. Dessa kallas enhancers eller förstärkande gensekvenser. De här förstärkande gensekvenserna befinner sig ofta långt från de gener de ska reglera. Genom att använda metoden Capture Hi-C kan vi koppla ihop de förstärkande gensekvenserna med gener genom att granska arvsmassans tredimensionella struktur. Detta innebär att vi kartlägger det regulatoriska gennätverket för att finna nya gener som är kopplade till sjukdomar och biologiska processer, säger Pelin Sahlén.