Infrastrukturnämnden satsar på nya tekniker och metoder för KI:s forskare
Infrastrukturnämnden vid Karolinska Institutet har beslutat att tilldela medel till fem satsningar inom utlysningen ”Nya tekniker och metoder i frontlinjen”. Totalt avsätts upp till 16 miljoner kronor under 2027 för att stärka forskningsinfrastrukturen och ge forskare tillgång till nya tekniker, metoder och verktyg.
De beviljade ansökningarna har bedömts möta identifierade behov inom forskning vid KI och bidra till utvecklingen av gemensamma resurser och verksamheter. Initiativen väntas successivt stärka utbudet av metoder och tekniker inom KI:s forskningsinfrastruktur under 2027.
Efter en samlad bedömning har infrastrukturnämnden beslutat att finansiera fem initiativ som tillsammans breddar det metodutbud som forskare vid KI kan få tillgång till under de kommande åren.
Vi bad de sökande bakom de fem beviljade förslagen beskriva på vilket sätt deras förslag förväntas gynna forskarna och stärka forskningsmiljön.
CRISPR Functional Genomics: From correlation to causation: Large-scale CRISPR perturbation linked to cell and tissue profiling (1,5 miljoner kronor)
– ‘Optical pooled CRISPR screening’ är en ny banbrytande metod som kombinerar omfattande parallella genetiska redigeringar med mikroskopisk avbildning, vilket gör det möjligt för forskare att direkt koppla tusentals specifika genknockouter eller aktiveringar till komplexa cellbeteenden i ett enda experiment, säger Bernhard Schmierer vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik.
– CRISPR Functional Genomics, en nationell infrastruktur inom SciLifeLab och en core-facilitet vid KI, inför metoden i samarbete med SciLifeLabs In Situ-sekvensering och kommer att göra metoden tillgänglig för forskare vid KI och andra institutioner, tillägger han.
Small Molecule Mass Spectrometry Core Facility (KI-SMMS): Completing the molecular map: Spatial metabolomics for KI (4 miljoner kronor)
– Den nya plattformen,”mass spectrometry imaging” (MSI)-baserad spatial metabolomik, kompletterar KI-SMMS:s etablerade analys av hela vävnadsprover (så kallade bulkprover) med LC-MS/MS. Medan analys av vävnadshomogenat med masspektrometri beräknar ett genomsnitt av signalen för alla celltyper i ett prov, bevarar MSI den cellulära heterogeniteten genom att kartlägga varje molekyl tillbaka till vävnadens struktur. För KI-forskare innebär detta att metabola signaturer som identifierats med LC-MS/MS nu kan kopplas till de anatomiska nischer där de uppstår, berättar Craig Wheelock vid Institutet för miljömedicin.
– Möjliga tillämpningar är bland annat: 1) upptäckter om mekanismer – att precisera var metabola förändringar sker i patienters vävnad, 2) läkemedelsutveckling – att visualisera var ett läkemedel lokaliseras i en vävnad och om det binder till sitt mål, samt 3) translationell forskning – att validera potentiella biomarkörer i vävnad från patienter”, säger Craig.
– Plattformen förväntas vara i drift i början av 2027 och kommer att vara öppen för alla KI-forskare via KI-SMMS, tillägger han.
Biomedicum Flow Cytometry Core Facility: Spectral real-time imaging cell sorter (4,22 miljoner kronor)
– Core-facliteten för flödescytometri i Biomedicum beviljas anslag för en cellsorterare med realtidsavbildning i kombination med fullspektral fluorescensdetektering, vilket möjliggör cellsortering i hög hastighet utifrån kriterier som cellmorfologi, subcellulär lokalisering och autofluorescenssignatur. Detta kommer att höja sorteringskvaliteten och göra det möjligt för forskare att isolera cellpopulationer som är omöjliga att sortera med konventionella sorterare, berättar Maria Johansson vid institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi.
3D-EM Core Facility: Integrated super-resolution fluorescence microscopy for correlative electron microscopy (2 miljoner kronor)
– Tack vare denna finansiering kan 3D-EM Core Facility integrera fluorescensmikroskopi med superupplösning direkt i sin provförberedningsutrustning för kryoelektronmikroskopi. KI:s forskare kommer att kunna lokalisera och avbilda specifika strukturer inuti frysta celler och vävnader på ett betydligt mer precist och effektivt sätt, vilket gör det möjligt för fler projekt att få tillgång till detaljerade 3D-bilder av cellulära processer, förklarar Martin Hällberg vid institutionen för cell- och molekylärbiologi.
Advanced nanoparticle analysis: The link between biological discovery and clinical translation (3,5 miljoner kronor)
– Nanopartiklar, däribland extracellulära vesiklar (EV) och lipidnanopartiklar (LNP), utgör den absoluta spetsen inom modern läkemedelstillförsel, och forskarna behöver tillgång till högupplöst analysinfrastruktur vid Karolinska Institutet för ett stort antal pågående projekt, säger André Görgens vid institutionen för laboratoriemedicin.
– Forskare som arbetar med LNP och EV kommer att dra nytta av snabb tillgång till avancerad karakterisering av nanopartiklar. Det nya instrumentet kommer att vara tillgängligt omedelbart via den befintliga Pre-GMP-anläggningen inom Karolinska ATMP Center och kommer därefter att ingå i den bredare Nano-Core-infrastrukturen, tillsammans med ytterligare karakteriseringstekniker, tillägger Lara Sweetapple, forskare vid samma institution.
Enligt Lara Sweetapple och André Görgens kommer detta att effektivisera arbetsflödena, minska provhanteringstiderna och kostnaderna samt öka kapaciteten för nanopartikelforskning och processutveckling.
Ansökningarna har bedömts av ledamöter från infrastrukturnämnden tillsammans med forskargruppsledare från KI vid SciLifeLab. Bedömningen har bland annat utgått från satsningarnas strategiska betydelse för forskning vid KI och deras potential att erbjuda service i den teknologiska och metodologiska frontlinjen.