”Clinicum-nätverket erbjuder ett stöttande och inkluderande rum för tvärvetenskapligt utbyte”
Möt Nick Tobin, universitetslektor, forskningsledare och docent vid institutionen för onkologi och patologi vid KI. Nick undervisar inom ämnesområdet bioinformatik, men håller också seminarier om olika aspekter av cancer, inklusive dess kännetecken och användbarheten av signaturer för cancergenuttryck i en klinisk miljö. Nick är en av Clinicums rådgivare inom bioinformatik.
Nick Tobin, varför är du med i Clinicums metodstödsnätverk?
- Clinicum erbjuder en unik plattform för att få kontakt med forskare från hela KI och KS, vilket främjar en samarbetsmiljö som är dedikerad till att förbättra forskningsprojekt. Nätverket erbjuder ett vänligt och stödjande utrymme för tvärvetenskapligt utbyte, vilket är en utmärkt möjlighet att både lära av kollegor och använda min expertis för att förbättra deras vetenskapliga arbete. Eftersom jag kommer från ett mycket socialt område som bioinformatik, där samarbete och diskussion är nyckeln till att föra vetenskapen framåt, tilltalade dessa egenskaper hos Clinicum mig starkt, säger Nick Tobin, universitetslektor, forskningsledare och docent vid institutionen för onkologi och patologi, Solna.
Vad gör en bioinformatiker?
- Bioinformatik ligger i skärningspunkten mellan biologi, datavetenskap, matematik och statistik. I stort sett kan bioinformatiker delas in i två huvudkategorier: de som fokuserar på att utveckla eller förbättra beräkningsverktyg, till exempel algoritmer för sekvensjustering, genannotering eller statistisk analys för ny teknik, och de som fokuserar på att tillämpa dessa verktyg på data för att få meningsfulla biologiska eller kliniska insikter. Det senare innefattar uppgifter som omics-analys, upptäckt av biomarkörer och bidrag till precisionsmedicin.
Givet dessa kategorier beror bioinformatikerns specifika roll på vilken typ av forskningsgrupp de tillhör. Personligen fokuserar mitt arbete på analys, tolkning och identifiering av meningsfulla mönster i komplexa datamängder för att ge insikter i biologiska och kliniska frågor.
Vilken typ av bioinformatikfrågor kan man ställa via Clinicum?
- Vilken typ av frågor som ställs beror till stor del på i vilket skede projektet befinner sig. För projekt i ett tidigt skede ligger fokus ofta på studiedesign, att fastställa de nödvändiga provstorlekarna eller att välja den mest lämpliga tekniken för att besvara forskningsfrågan. För projekt i ett sent skede, där data redan har genererats, handlar frågorna vanligtvis om att välja lämpliga analysmetoder eller att övergå från rådata, t.ex. genlistor, till biologiskt eller kliniskt meningsfulla tolkningar, t.ex. att identifiera över- eller underuttryckta vägar eller muterade gener.
Hur kan jag bäst förbereda mig inför en konsultation med dig?
- Det här är en lätt fråga! Det viktigaste steget är att noga tänka igenom din hypotes. Att ha en tydlig förståelse för din hypotes är avgörande för att vi ska kunna utforma studien eller tolka dina data på det mest effektiva sättet. Varje ny projektkonsultation inleds med samma grundläggande fråga: ”Vad är din hypotes?”
Nick Tobins bästa Clinicum-tips:
- Dra nytta av Clinicums nätverk i ditt forskningsarbete, eftersom det erbjuder ett vänligt och stödjande utrymme för tvärvetenskapligt utbyte.
- Om du behöver bioinformatiska råd från Clinicum i ett projekt i ett tidigt skede kommer fokus ofta att ligga på studiedesign. För projekt i ett sent skede, där data redan har genererats, handlar frågorna vanligtvis om att välja lämpliga analysmetoder eller övergången från rådata.
- En tydlig förståelse av din hypotes är avgörande för att vi ska kunna utforma studien eller tolka dina data på det mest effektiva sättet Innan Clinicum-konsultationen bör du noga tänka igenom din hypotes. Att ha ett sätt.