Snabb sekvenseringsmetod möjliggör upptäckt av antibiotikaresistens samma dag
Forskare vid Karolinska Institutet har utvecklat en snabb och kostnadseffektiv sekvenseringsmetod som kan identifiera antibiotikaresistens på mycket kort tid. Tekniken, som kallas s5PSeq, mäter hur bakteriella ribosomer reagerar redan inom några minuter efter att de utsatts för ett antibiotikum. Det ger en molekylär avläsning av bakteriers tillväxt i stället för att man behöver vänta på traditionella odlingar.
I den nya studien, som publicerats i Cell Reports Methods, visar forskarna från institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi (MTC) att s5PSeq kan skilja mellan erytromycin‑resistenta och känsliga Clostridioides difficile‑stammar efter bara tio minuters behandling. Genom att upptäcka karakteristiska ”stoppmönster” i bakteriellt RNA kan metoden avslöja känslighet långt innan några synliga skillnader i tillväxt uppstår.
Välgrundade behandlingsbeslut
En viktig fördel med metoden är att den fungerar med portabla
Nanopore‑sekvenseringsapparater, som redan är vanliga i många diagnostiska och forskningslaboratorier. Det öppnar för möjligheten att införa snabb molekylär testning i vanliga kliniska arbetsflöden.
−Snabbare, fenotypiska diagnoser är avgörande om vi ska kunna hantera antibiotikaresistens på ett effektivt sätt. Vår metod visar att tillförlitliga molekylära avläsningar kan fås på timmar i stället för dagar, säger Vicent Pelechano, senior forskare vid MTC och SciLifeLab, och studiens huvudförfattare.
Forskarna arbetar nu med att anpassa s5PSeq för direkt testning av komplexa patientprover utan föregående odling. I samarbete med Karolinska Universitetssjukhuset utvidgar de också metoden till fler patogener och antibiotika för att undersöka dess potential i kliniska miljöer.
−Vårt nästa steg är att förstå hur väl metoden fungerar utanför kontrollerade laboratorieförhållanden. De pågående studierna kommer att hjälpa till att avgöra hur s5PSeq kan stödja snabbare och mer välgrundade behandlingsbeslut, säger Honglian Liu, doktor i medicinsk vetenskap vid Karolinska Institutet och studiens förstaförfattare.
Publikation
A streamlined, nanopore-compatible 5PSeq protocol for rapid phenotypic antimicrobial sensitivity testing.
Liu H, Huch S, Hull R, Garcia FR, Nersisyan L, Yin X, Chen WH, Du J, Pelechano V
Cell Rep Methods 2026 Mar;():101327