Avancerad cellatlas öppnar nya dörrar inom biomedicinsk forskning
Forskare vid bland annat Karolinska Institutet har utvecklat en webbaserad plattform som ger en helt ny inblick i människokroppen på cellnivå. Målet är att det ska bli en ovärderlig resurs för forskare över hela världen för att öka kunskapen om mänsklig hälsa och sjukdom. Studien har publicerats i tidskriften Genome Biology.
Samtidig mätning av många biomolekylära variabler, så kallad multi-omik, möjliggör en djup och omfattande kartläggning av människans biologi. Den nya plattformen Single Cell Atlas (SCA) bygger på analyser av tusentals mänskliga vävnadsprover från 125 olika vävnader från vuxna och foster. Forskarna har kombinerat åtta olika omik-tekniker, bland annat RNA-sekvensering av enskilda celler, sekvensering av hela genomet och spatial transkriptomik för att kartlägga och lokalisera gener som uttrycks i vävnaden.
Banar väg för nya upptäckter
Resultatet ger unika insikter om enskilda cellers egenskaper och hur de interagerar med andra celler i vävnaden. Den omfattande datainsamlingen är fritt tillgänglig via plattformens webbplats.
– Single Cell Atlas sparar inte bara tid och resurser utan erbjuder också en samarbetsmiljö för forskare från olika områden, vilket banar väg för nya upptäckter och innovationer, säger studiens förstaförfattare Lu Pan, forskare vid Institutet för miljömedicin, Karolinska Institutet.
Framöver planerar forskarna att förfina atlasen genom mer detaljerade analyser och årliga uppdateringar för att på sikt omfatta fler vävnader och ett större urval av prover.
Ovärderlig resurs för forskare
– Den här plattformen markerar ett betydande steg framåt inom biomedicinsk forskning. Vårt mål är att kontinuerligt berika atlasen och göra den till en ovärderlig resurs för att förstå människors hälsa och sjukdomar, säger studiens sisteförfattare Xuexin Li, forskare vid institutionen för fysiologi och farmakologi (tidigare vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik), Karolinska Institutet.
Forskningen utfördes i samarbete med China Medical University och flera andra internationella samarbetspartners i The Single Cell Atlas Consortium. Studien finansierades av Karolinska Institutet och KI Network Medicine Global Alliance (KI NMA). Medförfattaren Volker Lauschke är vd och aktieägare i HepaPredict AB, medgrundare och aktieägare i PersoMedix AB och uppger konsultarbete för Enginzyme AB. Övriga författare uppger att de inte har några intressekonflikter.
Publikation
"Single Cell Atlas: a single-cell multi-omics human cell encyclopedia", Lu Pan, Paolo Parini, Roman Tremmel, Joseph Loscalzo, Volker M. Lauschke, Bradley A. Maron, Paola Paci, Ingemar Ernberg, Nguan Soon Tan, Zehuan Liao, Weiyao Yin, Sundararaman Rengarajan, Xuexin Li, på uppdrag av The SCA Consortium, Genome Biology, online 19 april 2024, doi: 10.1186/s13059-024-03246-2.