Kombinerad genom- och proteomanalys ger nya insikter om barnleukemi
Professor Janne Lehtiö och hans kollegor vid institutionen för Onkologi-Patologi har tillsammans med Kajsa Paulsson och hennes forskargrupp vid Lunds Universitet publicerat en artikel i Nature Communications där de undersöker de två vanligaste subtyperna av akut lymfatisk leukemi (ALL) hos barn med proteomik- och sekvenseringsmetoder.
I publikationen rapporterar de minskade protein- och RNA-nivåer av de viktiga kromatinreglerarna CTCF och cohesin vid hyperdiploid ALL. Detta ledde till att de undersökte genuttryck kopplat till bindningsplatser för CTCF och fann genomgående transkriptionell dysrgelering vid hyperdiploida ALL. Genom Hi-C-analys, en metod som undersöker den spatiella organisationen hos kromosomer, kunde de påvisa att den normala kromosomala strukturen försvunnit i hyperdiploida patientprover.
Studien är den första proteogenomikstudien i ALL och bidrar med stora, öppet tillgängliga proteomik- och transkriptomikdataset och nya insikter om hur hyperdiploid leukemi uppstår samt cancerutveckling.
Publikation
Proteogenomics and Hi-C reveal transcriptional dysregulation in high hyperdiploid childhood acute lymphoblastic leukemia.
Yang M, Vesterlund M, Siavelis I, Moura-Castro L, Castor A, Fioretos T, et al
Nat Commun 2019 04;10(1):1519