Föreläsningar och seminarier OnkPat Friday Seminar – Decoding tumor heterogeneity: computational methods for scRNA-seq and spatial omics

Värd: Kasper Karlsson, institutionen för onkologi-patologi.

Abstract

Att karakterisera och förstå drivkrafter bakom tumörers transkriptionella och epigenetiska heterogenitet är avgörande för att främja precisionsmedicin och utveckla effektiva behandlingar. I denna presentation kommer jag att beskriva vårt senaste arbete med att utveckla en beräkningsmetod för att extrahera genuppsättningar som definierar distinkta transkriptionella tillstånd hos cancerceller, baserat på data från enkelcells-RNA-sekvensering (scRNA-seq). Jag kommer att visa exempel på hur intratumoral transkriptionell heterogenitet kan kopplas till tumörens mikromiljö och kliniska variabler.

I detta sammanhang kommer jag att diskutera de mest framgångsrika befintliga metoderna för integrering av scRNA-seq-data från maligna celler hos olika cancerpatienter, samt presentera vår nyligen utvecklade CancerFoundation-modell baserad på scRNA-seq. Denna modell möjliggör inte bara dataintegrering mellan patienter, utan kan även användas för att förutsäga läkemedelsrespons.

Avslutningsvis kommer jag att presentera våra senaste insatser inom spatial transkriptomik och visa hur övervakade maskininlärningsmetoder som utnyttjar spatial information ytterligare kan förklara cancerkomplexitet och bidra med tolkningsbara kliniska biomarkörer.

Bio

Valentina Boeva, PhD, är biträdandne lektor vid Institutionen för datavetenskap, ETH Zürich, där hon leder forskargruppen Computational Cancer Genomics. Hennes forskning fokuserar på att utveckla beräkningsmetoder för integrering av multi-omicsdata, med målet att förstå epigenetisk och transkriptionell plasticitet hos cancerceller.

Innan hon började vid ETH Zürich år 2019, ledde Boeva laboratoriet för Computational Epigenetics of Cancer vid Cochin-institutet, Inserm, i Paris. Hon har en doktorsexamen i bioengineering och bioinformatik från Lomonosov Moscow State University.

Under sin karriär har Boeva bidragit till området beräkningsbaserad cancergenomik genom att utveckla metoder för analys av DNA-sekvenseringsdata, bulk- och enkelcells-transkriptomik samt epigenomik, och på senare tid även spatial transkriptomik och proteomik.