Event type
Konferenser och symposier
Syntetisk embryologi – kliniska möjligheter och etiska dilemman, KI Syd Etiksymposium 2022

2022-03-30 8:00 - 16:00 Add to iCal
Campus Flemingsberg
Location
Jan-Åke Gustafssonsalen, Neo, Blickagången 16
Lead

KI Syds första etiksymposium 2022 arrangeras av dekan och institutionsgrupp KI Syd under ledning av Fredrik Lanner (CLINTEC). KI rektor Ole Petter Ottersen och Dekan KI Syd inleder dagen. Världsledande forskare föreläser, följt av diskussioner om vetenskapliga möjligheter, avsaknad av tydliga regler för framväxande teknologier och etiska dilemman.

Content

Registrering krävs. Notera datumet 30/3 - 2022 - mer detaljerad information kommer!

Confocal microscopy picture illustrating progerin expression in the skin of a progeria model. Photo: Gwladys Revêchon
Konfokalmikroskopbild som illustrerar progerin uttryckt i hud hos progeria modell. Foto: Gwladys Revêchon Gwladys Revêchon

Föreläsare bl.a.: Katsuhiko Hayashi, Professor, Kyushu University, Japan. Nicolas Rivron, Group leader at the Institute of Molecular Biotechnology, Austrian Academy of Science, Austria. Marta Shahbazi, Group Leader at MRC Laboratory of Molecular Biology (LMB), University of Cambridge, United Kingdom. Moderator: Niklas Juth, universitetslektor och docent i medicinsk etik, Karolinska Instititutet.

Mer information finns på den engelska sidan.

Med stöd av CIMED och Region Stocholm.

Kontakt

Publicerad: 2021-04-12 17:00 | Uppdaterad: 2021-04-13 07:23

Teknik möjliggör storskalig kartläggning av epigenetisk information i enskilda celler

Avkodning av epigenomisk information från enskilda celler i mushjärna. Histoner dekorerar DNA som pärlor på ett snöre och fungerar som epigenetiska markörer som visar vilka gener som ska slås på eller av.
Avkodning av epigenomisk information från enskilda celler i mushjärna. Histoner dekorerar DNA som pärlor på ett snöre och fungerar som epigenetiska markörer som visar vilka gener som ska slås på eller av. Metoden single-cell CUT&Tag gör det möjligt att undersöka tiotusentals enskilda celler samtidigt för att avgöra deras histonprofiler. Illustration av Amagoia Agirre

Histoner är små proteiner som binder till DNA och innehåller information som kan hjälpa till att slå av eller på enskilda gener. Forskare vid Karolinska Institutet har utvecklat en teknik som gör det möjligt att undersöka hur olika typer av histoner binder till genomet i tiotusentals enskilda celler samtidigt. Tekniken har applicerats i mushjärna och kan användas för att studera epigenetik i enskilda celler i andra komplexa organ. Studien har publicerats i tidskriften Nature Biotechnology.

Marek Bartosovic och Gonçalo Castelo-Branco.
Marek Bartosovic och Gonçalo Castelo-Branco. Foto: Mandy Meijer

– Denna teknik kommer att vara ett viktigt verktyg för att studera vad som skiljer celler från varandra på epigenetisk nivå. Vi förväntar oss att den kommer att användas i stor utsträckning av biomedicinare inom en rad olika forskningsområden, säger Marek Bartosovic, postdoktor vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik på Karolinska Institutet.

Även om alla våra celler innehåller exakt samma genetiska information lagrat i DNA så läser och agerar de på informationen på olika sätt. En nervcell i hjärnan läser DNA:t annorlunda än exempelvis en hud- eller fettcell. Epigenetik spelar en avgörande roll i tolkningen av den genetiska informationen och för hur cellerna uttrycks.

Påverkar genuttrycket

Histonförändringar är en typ av epigenetik som påverkar genuttrycket. Histoner dekorerar DNA som pärlor på ett snöre och fungerar som epigenetiska markörer som visar vilka gener som ska slås på eller av. Tillsammans samverkar detta system för att säkerställa att tusentals gener slås på eller av vid rätt tid och plats och i rätt cell.

För att bättre förstå hur celler blir specialiserade är det viktigt att veta vilka histoner sitter på vilka delar av DNA i varje enskilt organ och i varje enskild cell inom det organet. Tills nyligen var det inte möjligt att studera histonförändringar i enskilda celler. För att undersöka histonförändringar i en specifik celltyp behövdes ett väldigt stort antal celler och mödosamma metoder för cellisolering. Den slutgiltiga epigenetiska histonprofilen för en celltyp representerade då ett genomsnitt av tusentals celler.

I den här studien beskriver forskarna en metod för att studera histonförändringar i enskilda celler i extrem detalj och i stor skala. Genom att kombinera och optimera existerande epigenomiska tekniker kunde forskarna identifiera genetiska regulatoriska principer för hjärnceller i möss baserat på deras histonprofiler.

Single-cell CUT&Tag

– Vår metod—single-cell CUT&Tag—gör det möjligt att undersöka tiotusentals enskilda celler samtidigt, vilket ger en opartisk bild av epigenetisk information i komplexa organ med enastående upplösning. I nästa steg vill vi använda single-cell CUT&Tag för att studera den mänskliga hjärnan, både i utvecklingsfasen och vid olika sjukdomar. Till exempel skulle vi vilja undersöka vilka epigenetiska mekanismer bidrar till nedbrytningen av nervsystemet vid multipel skleros, och om vi skulle kunna manipulera dessa processer för att lindra sjukdomsförloppet, säger Gonçalo Castelo-Branco, forskare vid institutionen för medicinsk biokemi och biofysik på Karolinska Institutet.

Forskningen har finansierats av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse, Vetenskapsrådet, Vinnovas Seal of Excellence Marie-Sklodowska Curie Actions anslag, EU:s ramprogram Horizon 2020 för forskning och innovation, Hjärnfonden, Cancerfonden, Svenska Sällskapet för Medicinsk Forskning, the Ming Wai Lau Centre for Reparative Medicine och Karolinska Institutet.

Publikation

Single-cell CUT&Tag profiles histone modifications and transcription factors in complex tissues” Marek Bartosovic*, Mukund Kabbe, Gonçalo Castelo-Branco*, Nature Biotechnology, online 12 april, 2021, doi: 10.1038/s41587-021-00869-9

Publicerad: 2021-01-26 17:05 | Uppdaterad: 2021-02-03 09:13

Epigenetiska mekanismer bakom makrofaginflammation upptäckt

Tre forskare, porträttfoton
Zhiqiang Huang, Rongrong Fan och Eckardt Treuter Foto: Ning Liang (Z.H., R.F.), Anders Lindholm (E.T.)

Hur påverkar regulatoriska genomelement - såsom enhancers och silencers - genuttryck, vilka är de inblandade komponenterna, och kan vi modulera dem för framtida behandlingar? Genom att undersöka dessa grundläggande frågor i inflammatoriska makrofager har BioNut-forskare hittat några oväntade svar. Studien publiceras idag i Molecular Cell.

Eckardt Treuter, professor i molekylär cellbiologi vid Institutionen för biovetenskaper och näringslära vid KI, och hans labb har ett långvarigt intresse av att förstå de mekanistiska och fysiologiska rollerna hos transkriptionella corepressorer. Corepressorer är proteiner som interagerar med transkriptionsfaktorer och modifierar kromatin för att reglera genuttryck. Framförallt har deras studier i makrofager avslöjat några epigenetiska mekanismer som potentiellt kan ligga bakom utvecklingen av immunometabola sjukdomar, inklusive typ 2-diabetes och ateroskleros. Forskarna har sedan tidigare funnit att en underenhet av ett grundläggande corepressorkomplex, kallat GPS2, är nedreglerat i monocyter och makrofager hos människor med fetma och typ 2-diabetes. Detta påverkar antagligen corepressorkomplexet på många sätt och resulterar i förändringar av inflammatoriskt genuttryck, men de underliggande mekanistiska detaljerna har förblivit okända.

I den nu aktuella studien använde forskarna sig av en in vitro modell för inflammatorisk makrofagaktivering för att undersöka sambandet mellan kromatinstruktur, histonmodifieringar, transkriptionsfaktorer, corepressorer, RNA transkription och genuttryck.

Väsentliga för ombyggnad av kromatin

”Vår studie belyser den ganska överraskande dubbla rollen som corepressorer har på enhancers och silencers, cis-regulatoriska DNA element i genomet vilka styr genuttryck på till synes motsatta sätt”, säger Eckardt Treuter.

”Vi tror att corepressorer, tillsammans med transkriptionsfaktorerna som binder till dessa element, är väsentliga för den signalberoende kromatinombyggnaden inom definierade tredimensionella (3D) strukturer, så kallade TADs.”

illustration
Modell som belyser epigenetisk kromatin-ombyggnad på Ccl2-locus, kodande för det proinflammatoriska kemokinet CCL2 (MCP-1), ett potentiellt mål vid behandlingar. Illustration: Zhiqiang Huang and Rongrong Fan

Studien visar också på nya bevis för att enhancer-transkriberade eRNAs skulle kunna ha en funktionell roll, en fråga som för närvarande är omdiskuterad inom området. Till exempel ser det ut som om corepressorer och eRNA beter sig antagonistiskt för att samtidigt reglera 3D-kromatinorganisation och genuttryck. Forskarna kunde till och med minska makrofaguttrycket av CCL2 (aka MCP-1, ett viktigt inflammatoriskt kemokin) hos möss genom att inhibera ett eRNA med en modifierad kort nukleinsyra.

"Vi är särskilt glada över att vårt arbete visar att man selektivt kan manipulera makrofag-eRNA för att  minska inflammation och därigenom förbättra metabol hälsa hos överviktiga möss", säger forskarassistenten Rongrong Fan, en av huvudförfattarna.

”Det här betonar potentialen av regulatoriska genomelement såsom enhancers för att bekämpa immunometabola sjukdomar.”

Studien har genomförts i samarbete med forskare från University of Eastern Finland Kuopio, INSERM Paris, Karolinska Institutet Huddinge (Institutionen för medicin, Institutionen för laboratoriemedicin) och Trinity College Dublin.

Arbetet finansierades med bidrag från Centrum för innovativ medicin, Vetenskapsrådet, Cancerfonden, Novo Nordisk fonden, Diabetesfonden och KI forskningsfonder, samt ytterligare finansiering till de olika samarbetsgrupperna.

Kontakt

Publicerad: 2020-02-11 07:42 | Uppdaterad: 2020-02-11 09:47

Nya mått på biologisk ålder kan förutsäga hälsorisker

Illustration of biological age.

Människor åldras på olika sätt. Biologisk ålder är ett mått som forskare använder för att försöka förutsäga hälsorisker. Flera markörer kan kombineras för att öka måttets relevans. Särskilt viktiga markörer är skörhet och den epigenetiska klockan, enligt en studie som forskare på Karolinska Institutet publicerat i eLife.

Den biologiska åldern kan skilja sig från den kronologiska. Tanken med måttet biologisk ålder är att det ska ge en fingervisning om hälsorisker eller risk för förtida död – och därmed förhoppningsvis nya möjligheter till förebyggande hälsovård.

Men vilka markörer är mest relevanta för att mäta den biologiska åldern? En ny pusselbit finns i en studie som letts av Sara Hägg, forskare på Karolinska Institutet, där olika markörer har kombinerats.

Photo of Sara Hägg.
Sara Hägg, docent i molekylär epidemiologi vid institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik. Foto: Gunilla Sonnebring.

Olika sätt att mäta biologisk ålder

– Det finns olika sätt att mäta biologisk ålder. Vi behöver veta vilka markörer som är viktigast. I förlängningen kan det tänkas leda till nya möjligheter att förebygga sjukdomar som är kopplade till åldrande, säger Sara Hägg.

Måttet biologisk ålder har undersökts i flera forskningsstudier de senaste åren. En skillnad i den nya studien är att den undersöker många olika kombinationer av markörer.

Resultatet i studien visar att några markörer är särskilt viktiga för att kunna förutsäga risken för förtida död. Graden av skörhet (frailty), vilket byggde på självskattning av deltagarna i studien, är en av dem. En annan är den epigenetiska klockan (DNA methylation age estimator). Det sistnämnda är alltså kopplat till hur olika gener uttrycks.

Effektiv verktyg för att förutsäga hälsorisker

Forskarna undersökte även andra markörer, exempelvis telomerernas längd, biomarkörer i blodet, kognitiva och fysiska förmågor. Även dessa markörer var associerade med en ökad risk för förtida dödlighet.

Studien är en populationsstudie där 845 medelålders och äldre deltagare följdes under 20 år.

– Det finns ett stort intresse för den här forskningen och biologiskt åldrande är ett effektivt verktyg för att förutsäga hälsorisker. Men det är viktigt att betona att våra resultat är populationsbaserade och att de behöver valideras på individnivå, säger Sara Hägg.

Studien har finansierats med stöd av the National Institutes of Health (NIH), the MacArthur Foundation Research Network on Successful Aging, Forskningsrådet för hälsa, arbetsliv och välfärd (FORTE), Vetenskapsrådet, Loo och Hans Ostermans stiftelse för medicinsk forskning, Stiftelsen för ålderssjukdomar vid Karolinska Institutet, Karolinska Institutets Forskningsstiftelser, Magnus Bergvalls Stiftelse, Stiftelsen Gamla Tjänarinnor, the Strategic Research Area in Epidemiology (SfoEpi) at Karolinska Institutet, the China Scholarship Council (CSC), och Konung Gustaf V:s och Drottning Victorias Frimurarestiftelse.

Publikation

Longitudinal trajectories, correlations and mortality associations of nine biological ages across 20-years follow-up,” Xia Li, Alexander Ploner, Yunzhang Wang, Patrik Magnusson, Chandra Reynolds, Deborah Finkel, Nancy Pedersen, Juulia Jylhävä, Sara Hägg, eLife, online 11 februari, 2020, doi: 10.7554/eLife.51507

Tags

Åldrande Biostatistik Epidemiologi Epigenetik
KI Kommunikati… 2020-02-11
Publicerad: 2020-01-31 00:01 | Uppdaterad: 2020-01-31 14:22

HIV-1 imiterar en ”enhancer” för att behålla aktiveringspotential men undgå upptäckt

När Humant immunbristvirus typ 1 (HIV-1) infekterat en cell, blir viruset ofta osynligt för såväl immunsystemet som läkemedel. Nu visar forskning från Karolinska Institutet att det integrerade viruset imiterar en specifik kromatinstruktur som möjliggör att virussekvensen är tillgänglig men att nya virus inte produceras.

Close-up of virus

HIV-1 drabbar fortfarande miljontals människor världen över och även om korrekt medicineringen gör viruset odetekterbart, finns i dag inget bot. En av orsakerna till att botemedel fortfarande saknas trots att viruset praktiskt taget eliminerats, är att när en cell infekterats av HIV-1 kan viruset kopiera sig från RNA till DNA och därefter integreras i värdcellens DNA och bilda ett HIV-1 provirus. Där vävs virusets arvsmassa in i kromatinstrukturen och går sedan inte att skilja från en vanlig gen. På så sätt undgår infekterade celler kroppens immunförsvar. Trots att inga virus produceras i detta tillstånd behåller cellen informationen för att göra nya virus senare.

 

HIV-1 proviruset kan ligga latent i infekterade celler i flera år men när som helst kan proviruset aktiveras, och vi vet fortfarande inte var eller hur det sker. Den här ”stokastiska” HIV-1 aktiveringen är orsaken till att människor som lever med HIV-1 måste vara under konstant medicinering för att viruset inte ska komma tillbaka. 

I en ny studie från Karolinska Institutet, publicerad i Plos Pathogens, , har författarna beskrivit hur det integrerade HIV-1 proviruset kan behålla sin öppna och aktiverbara struktur, men samtidigt undgå att producera virus som skulle röja cellen för immunförsvaret. Forskargruppen ledd av Peter Svensson, forskare vid institutionen för biovetenskaper och näringslära, Huddinge, har upptäckt att i latent infekterade celler imiterar provirusets kromatin en så kallad ”enhancer” – en förstärkare av genuttryck. Dessa förstärkarstrukturer är kopplade till gener men kodar inte själva för proteiner som generna gör.

 – Detta är ett genombrott för forskning mot ett framtida botemedel för HIV, för att förstå varifrån nya virus kommer, säger Peter Svensson. Tidigare trodde vi att en stor del av det tystade HIV-1 var inkapslat i heterokromatin, vilket är en struktur som kräver stora förändringar för att möjliggöra virusproduktion. Kliniska studier har testat effekten av molekyler som öppnar upp kromatin, då dessa kan vara väldigt effektiva mot vissa typer av cancer. Men tyvärr har de visat sig ha mycket liten effekt på HIV-1. Vi visar istället att proviruset imiterar ”enhancer”-strukturen i en liten andel av de latent infekterade cellerna. Där kan proviruset uttryckas utan att producera protein, men behåller sin öppna struktur. När viruset aktiveras övergår det från enhancer- till gen-uttryck och cellen börjar producera nya viruspartiklar. Detta skifte öppnar upp för helt nya tankesätt i kampen mot HIV-1.

Studien är finansierad av Vetenskapsrådet, Cancerfonden, Åke Wibergs Stiftelse, Clas Grochinskys Minnesfond, Läkare mot AIDS Forskningsfond, CIMED samt Karolinska Institutet.

Publikation

"Chromatin maturation of the HIV-1 provirus in primary resting CD4+ T cells," B. Lindqvist, S. Svensson Akusjärvi, A. Sönnerborg, M. Dimitriou, J. P. Svensson, Plos Pathogens, online January 30, 2020.

Publicerad: 2019-12-02 16:02 | Uppdaterad: 2019-12-05 10:19

De är Wallenberg Academy Fellows vid KI 2019

KAW2019
Foto: Markus Marcetic © Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse/Kungl. Vetenskapsakademien

Av de 29 forskare som i år utses till Wallenberg Academy Fellow kommer 6 att vara verksamma vid Karolinska Institutet. Det femåriga anslaget delas ut av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse och ger unga, lovande forskningsledare långsiktig forskningsfinansiering i Sverige.

Variationen är stor; anslaget omfattar forskning inom naturvetenskap, teknik, medicin, humaniora och samhällsvetenskap. Flera av forskarna kan tack vare programmet fortsätta att bedriva sin forskning i Sverige medan andra rekryteras till Sverige för att bygga sin forskning här. Syftet med satsningen är att stärka Sverige som kunskapsnation.  Sedan programmet startade 2012 har Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse (KAW) anslagit totalt 1,9 miljarder kronor till satsningen.

Programmet har inrättats samarbete med de kungliga akademierna och 16 svenska universitet. Anslaget uppgår till mellan 5 och 15 miljoner kronor per forskare under fem år beroende på ämnesområde. Efter den första periodens slut har forskarna möjlighet att söka ytterligare fem års finansiering.

– Ska man göra vetenskapliga genombrott måste man koncentrera sig på sin forskning under en längre tid och med bra resurser. Wallenberg Academy Fellows får den möjligheten, och de får den under den kanske mest kreativa fasen i forskarkarriären. De får också chansen att delta i ett mentorsprogram vilket hjälper dem att stärka sitt vetenskapliga ledarskap, säger Göran K. Hansson, ständig sekreterare i Kungl. Vetenskapsakademien.

6 nya WAF vid KI

Petter Brodin, institutionen för kvinnors och barns hälsa, även vid SciLifeLab
Om forskningen: När ett barn har fötts genomgår immunförsvaret en snabb utveckling. Petter Brodin ska undersöka hur denna utveckling påverkas av olika miljöfaktorer, exempelvis amning, barnets tarmflora och olika infektioner. Ett viktigt mål är att förstå varför vissa barn drabbas av allergier eller autoimmuna sjukdomar.

Pia Dosenovic, för närvarande vid Rockefeller University
Om forskningen: Efter en vaccination utvecklas B-cellerna och det skapas så kallade minnes-B-celler som finns kvar i kroppen under en längre period. Pia Dosenovic ska undersöka hur hon vid en andra vaccinationsdos bäst aktiverar B-celler, som minns oföränderliga delar av hiv. Syftet är att första hur man bäst kan stimulera ett effektivt och långsiktigt immunförsvar med hjälp av vaccination.

Qiaolin Deng, institutionen för fysiologi och farmakologi
Om forskningen: Könscellerna är speciella eftersom de för arvsmassan vidare från en generation till en annan. Qiaolin Deng ska studera utvecklingen av könsceller, i syfte att bättre förstå hur faktorer i omgivningen påverkar deras utmognad och varför vissa könsceller vandrar vilse i kroppen och kan orsaka cancer.

Itziar Martinez Gonzalez, för närvarande vid Amsterdams universitet
Om forskningen: Itziar Martinez Gonzalez har upptäckt en speciell immuncell som kanske kan förklara varför eksem är en riskfaktor för astma. Hon ska undersöka om dessa celler – när de har aktiverats i ett eksem – senare kan framkalla en allergisk reaktion i lungorna.

Simon Elsässer, institutionen för medicinsk biokemi och biofysik, även vid Ming Wai Lau centrum och SciLifeLab
Om forskningen. Vändbara förändringar av vår arvsmassa styr vilka gener som är aktiva i en cell. I dag saknas kunskap kring hur sådan epigenetisk information går i arv när en cell delar sig, men Simon Elsässer har utvecklat en snillrik metod som han nu ska använda för att studera denna grundläggande fråga.

Katja Petzold, instituionen för medicinsk biokemi och biofysik
Om forskningen:  Drömmen för en biomedicinare är att kunna titta in i en cell och studera hur de tiotusentals biomolekyler som bygger och driver cellen fungerar. Katja Petzold ska utveckla en teknik som tar forskare ett steg närmare drömmen genom att avbilda enskilda biomolekyler ”in action” i cellen. 

Event type
Konferenser och symposier
Symposium: Epigenetik och Nutrition

2019-10-14 13:00 - 17:00 Add to iCal
Campus Flemingsberg
Location
Gene (5108), Neo, Blickagången 16
Lead

Institutionen för Biovetenskaper och Näringslära, Karolinska Institutet i Campus Flemingsberg, bjuder in er till en diskussion om överlappningen mellan områdena epigenetik och näringslära.

Content

Program (i huvudsak på engelska):

Professor Karl Ekwall, Head of the department, Biosciences and Nutrition, Karolinska Institutet, hälsar välkommen.

Första sessionen:
Chair: Olle Bygren
13.00 - 13.45
The role of epigenetics in the relation nutrition and health
Anna Krook
, Department of Physiology and Pharmacology, Integrative physiology Group, Karolinska Institutet

13.45 – 14.15   The fat cell and the histone modification at obesity/overweight/diabetes
Mikael Rydén, Department of Medicine, Karolinska Institutet and Karolinska University Hospital.

14.15 – 14.30 Obesity and histone modifications
Karl Ekwall
Head of the department, Biosciences and Nutrition, Karolinska Institutet

14.30 – 15.00   Epigenetic regulation of diabetogenic adipose morphology
Ingrid Dahlman, Department of Medicine, Huddinge Lipid Laboratory, Karolinska Institutet

15.00 – 15.30      Fika paus i Neos lunch rum

Andra sessionen:
Chair: Karl Ekwall
15.30 – 16.00  
Excess sugar, male-line intergenerational obesity, and sperm tRNA
Anita Öst, Department of Clinical and Experimental Medicine, Division of Neuro and Inflammation Sciences, Linköping University

16.00 – 16.30   Nutrition meets heredity
Minoo Rassoulzadegan, Université Côte d’Azur, France

16.30 – 16.45   Transgenerational epigenetic responses to food availability
Birgitta Mc Ewen
, Department of Health Sciences, Karlstad University

16.45 –               Mingel i Neos lunch rum

 

Välkomna!

Gratis inträde! Ingen registrering!

Öppet för vem som helst som är intresserad, dvs studenter, potdocs, juniora- och seniora forskare and läkare.

Kontakt

Event type
Föreläsningar och seminarier
Externt MBB seminarium: Peter Tessarz "Metabolism, Epigenetics and Ageing: Connecting the dots"

2019-09-23 15:00 Add to iCal
Campus Solna
Location
Rum A0412, plan 4, Biomedicum, Solnavägen 9
Lead

Seminarium med Dr. Peter Tessarz från Max Planck Institute for Biology of Ageing: "Metabolism, Epigenetics and Ageing: Connecting the dots". Information följer på engelska, då seminariet hålls på engelska.

Content

Dr. Tessarz and his team use two different model systems to address the question of how histones modulate transcriptional processes and how chromatin changes with age. Using budding yeast as a model, they address mechanistic consequences of chromatin alterations on transcriptional processes and lifespan. Embryonic and adult stem cells serve as a model to investigate the interplay of environment, metabolism on epigenetics and ageing. To do this they employ a variety of different methodologies, including biochemistry, genetics and genomics.

Selected publications

NET-prism enables RNA polymerase-dedicated transcriptional interrogation at nucleotide resolution.
Mylonas C, Tessarz P
RNA Biol 2019 Sep;16(9):1156-1165

Transcriptional repression by FACT is linked to regulation of chromatin accessibility at the promoter of ES cells.
Mylonas C, Tessarz P
Life Sci Alliance 2018 Jun;1(3):e201800085

Glutamine methylation in histone H2A is an RNA-polymerase-I-dedicated modification.
Tessarz P, Santos-Rosa H, Robson SC, Sylvestersen KB, Nelson CJ, Nielsen ML, et al
Nature 2014 Jan;505(7484):564-8

Histone core modifications regulating nucleosome structure and dynamics.
Tessarz P, Kouzarides T
Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2014 Nov;15(11):703-8

Kontakt

Event type
Konferenser och symposier
SNIC User Forum på Karolinska Institutet 2019

2019-09-27 9:30 - 16:30 Add to iCal
Campus Solna
Location
Widerströmska huset Tomtebodavägen 18 Karolinska Institutet
Inghesalen Tomtebodavägen 18 Karolinska Institutet
Lead

Välkomna till SNIC User Forum med tema Bioinformatik den 27 september 2019! SNIC önskar en dialog med sina användare och välkomnar därför forskare att presentera sina resultat samt befintliga och tillkommande resursbehov inom beräkning, lagring och tillämpningsstöd. I årets SNIC User Forum på Karolinska Institutet är temat Bioinformatik och hur känsliga personuppgifter påverkar forskningsprocessen. Registrering medför kaffe med dopp (Fika)!

Content
Publicerad: 2018-06-19 11:01 | Uppdaterad: 2019-10-31 20:47

Mekanism som styr risk för multipel skleros identifierad

Trots att en persons DNA ser likadant ut hela livet kan våra gener ändå börja uttrycka sig annorlunda och göra att vi insjuknar i sjukdomar som vi har anlag för. Nu har forskare vid Karolinska Institutet upptäckt en ny mekanism för en känd riskgen som triggar igång multipel skleros (MS) genom så kallad epigenetisk reglering. De fann även en skyddande genvariant som minskar risken för MS. Studien publiceras i Nature Communications.

Multipel skleros är en kronisk inflammatorisk sjukdom i det centrala nervsystemet som kan drabba personer i relativt unga år. De flesta är mellan 20 och 40 år när de får sina första symtom i form av till exempel domningar i armar och ben, synnedsättning, yrsel, men också trötthet och depression. Symtomen beror på en inflammation i hjärna och ryggmärg, som bryter ner det nervskyddande myelinet och skadar nervtrådarna. Idag finns inget botemedel men däremot kan sjukdomsaktiviteten oftast bromsas med hjälp av läkemedel.

Maja Jagodic, foto: Stefan Zimmerman.

Redan för över 40 år sedan upptäcktes att genetiska variationer i de så kallade HLA-antigenerna utgör den största riskfaktorn för sjukdomen. HLA kodar för molekyler som är involverade i immunförsvaret. Däremot är det inte helt klarlagt vilka specifika gener som är inblandade och inte heller vilka molekylära mekanismer som ligger bakom sjukdomens uppkomst.

Genom molekylära analyser och sammanslagning av flera studier (så kallad metaanalys), som involverade cirka 14 000 patienter med MS samt en kontrollgrupp på över 170 000 friska individer, kunde forskare vid Karolinska Institutet se att personer med genvarianten HLA-DRB1*15:01 får ett ökat genuttryck av HLA-DRB1 vilket ökar risken för sjukdomen. Att detta sker beror på en så kallad epigenetisk reglering av HLA-uttryck som forskarna upptäckte. Just denna mekanism och hur den kopplas till MS var tidigare okänd.

Skyddande genvariant

– Det är första gången som vi ser att epigenetiska mekanismer kan orsaka sjukdomen. Dessutom kan vi koppla den till den genvariant som innebär den största riskfaktorn för MS, säger Maja Jagodic, forskare vid institutionen för klinisk neurovetenskap på Karolinska Institutet och en av artikelförfattarna.

Lara Kular, foto: Stefan Zimmerman.

Forskarna upptäckte också en ny HLA-genvariant, rs9267649, som tvärtom fungerar skyddande mot sjukdomen. Den kunde också – via samma epigenetiska regleringsmekanism – minska genuttrycket av HLA-DRB1 och därmed minska risken för MS. Resultaten banar ny väg för möjliga behandlingar baserade på specifik epigenetisk modulering, det vill säga att man på konstgjord väg hindrar gener från att uttryckas. Det ger framtidshopp för personer med MS men också andra autoimmuna sjukdomar.

– Nästan alla autoimmuna sjukdomar är kopplade till HLA, säger Lara Kular, medförfattare och forskare vid samma institution.

Studien har genomförts genom internationellt samarbete med universitet i USA, Tyskland, Norge, Danmark och Island (företaget deCode). Finansiering har skett genom medel från bland annat Vetenskapsrådet, Neuro, Hjärnfonden, MS-fonden, Petrus och Augusta Hedlunds stiftelse, AFA-försäkring, Knut och Alice Wallenbergs stiftelse, Stockholms läns landsting och AstraZeneca. Flera av forskarna är anställda hos deCode genetics/Amgen Inc. För mer information se den vetenskapliga artikeln.

Publikation

DNA methylation as a mediator of HLA-DRB1*15:01 and a protective variant in multiple sclerosis
Lara Kular, Yun Liu, Sabrina Ruhrmann, Galina Zheleznyakova, Francesco Marabita, David Gomez-Cabrero, Tojo James, Ewoud Ewing, Magdalena Lindén, Bartosz Górnikiewicz, Shahin Aeinehband, Pernilla Stridh, Jenny Link, Till F. M. Andlauer, Christiane Gasperi, Heinz Wiendl, Frauke Zipp, Ralf Gold, Björn Tackenberg, Frank Weber, Bernhard Hemmer, Konstantin Strauch, Stefanie Heilmann-Heimbach, Rajesh Rawal, Ulf Schminke, Carsten O. Schmidt, Tim Kacprowski, Andre Franke, Matthias Laudes, Alexander T. Dilthey, Elisabeth G. Celius, Helle B. Søndergaard, Jesper Tegnér, Hanne F. Harbo, Annette B. Oturai, Sigurgeir Olafsson, Hannes P. Eggertsson, Bjarni V. Halldorsson, Haukur Hjaltason, Elias Olafsson, Ingileif Jonsdottir, Kari Stefansson, Tomas Olsson, Fredrik Piehl, Tomas J. Ekström, Ingrid Kockum, Andrew P. Feinberg och Maja Jagodic
Nature Communications, online 19 juni 2018, doi: 10.1038/s41467-018-04732-5

Subscribe to Epigenetik